Meskipun Justice League dan Justice Society berhasil menutup celah waktu, konsekuensinya jauh lebih dalam dari yang mereka duga. Garis waktu tidak sepenuhnya pulih; ia menjadi lebih "rapuh," seperti gelas yang retak namun masih utuh. Efek riak dari "Flashpoint" kecil yang diciptakan Barry mulai bermanifestasi dalam berbagai cara yang mengkhawatirkan.
Pertama, gema-gema masa depan dan masa lalu mulai sesekali muncul secara acak di seluruh dunia. Gedung-gedung kuno tiba-tiba muncul di tengah kota modern selama beberapa detik, atau penampakan singkat dari makhluk-makhluk prasejarah terlihat di hutan belantara. Informasi dan ingatan juga menjadi tidak stabil bagi sebagian orang, menyebabkan disorientasi temporal yang meluas. Daniel Vance dan Elara di Aethel Tech bekerja tanpa lelah memantau anomali ini, mencoba memprediksi kapan dan di mana gangguan berikutnya akan terjadi.
Kedua, dan yang paling mengkhawatirkan, adalah kemunculan individu-individu yang seharusnya tidak ada. Mereka adalah "pecahan" dari garis waktu alternatif, atau entitas yang entah bagaimana tertarik ke realitas utama akibat kerapuhan temporal ini. Salah satu dari mereka adalah yang paling berbahaya.
Di tengah kekacauan ini, sebuah bayangan kuning muncul dengan kecepatan yang bahkan The Flash sendiri kesulitan menandinginya. Ini adalah Reverse-Flash, atau Professor Zoom (Eobard Thawne), musuh bebuyutan Barry Allen dari masa depan, seorang speedster jahat yang kekuatannya berasal dari Negative Speed Force. Dia bukan sekadar akibat dari kekacauan waktu; dia adalah anomali yang sengaja memanfaatkan celah-celah ini.
Reverse-Flash muncul pertama kali di Central City, mengincar Barry Allen secara langsung. Dia tidak hanya ingin mengalahkan The Flash, dia ingin menghancurkan hidup Barry, memutarbalikkan setiap momen keberhasilan menjadi tragedi. Kecepatannya yang kejam dan kemampuannya untuk memanipulasi waktu lokal membuatnya menjadi ancaman yang hampir tak terkalahkan. Dia bisa kembali ke masa lalu dan mengubah peristiwa kecil yang memiliki efek riak besar di masa kini, tanpa disadari siapa pun kecuali Barry.
"Kau menghancurkan segalanya, Allen," suara Thawne yang terdistorsi berdesis di telinga Barry saat ia meninjunya berkali-kali dalam sekejap mata. "Dan sekarang, aku akan memastikan hidupmu tidak pernah damai."
Justice League segera merespons. Superman dan Wonder Woman kesulitan menangkap Reverse-Flash karena kecepatannya. Batman berjuang keras memprediksi pergerakannya, sementara Green Lantern dan Cyborg mencoba memblokirnya dengan konstruksi energi dan firewall data, yang dengan mudah ditembus oleh Thawne. Martian Manhunter mencoba memengaruhinya secara psikis, tetapi pikiran Thawne terlalu kacau dan penuh kebencian.
Yang paling frustrasi adalah Barry sendiri. Setiap kali ia mencoba menangkap Thawne, musuh bebuyutannya itu selalu selangkah lebih maju, tahu setiap gerakannya seolah ia telah melaluinya berkali-kali.
Daniel Vance, memantau dari Aethel Tech, merasakan gelombang energi temporal yang sangat kuat setiap kali Reverse-Flash bergerak. "Kekacauan waktu ini... dia bukan hanya memanfaatkan celah, dia memperburuknya!" seru Daniel, matanya menatap tajam ke layar. "Jika dia terus beroperasi, garis waktu akan benar-benar runtuh!" Elara di sampingnya tampak pucat, menyadari skala ancaman ini.
Pertarungan melawan Reverse-Flash tidak hanya menguji kekuatan fisik Justice League, tetapi juga ketahanan mental mereka, terutama Barry. Thawne adalah pengingat konstan akan kesalahan yang tak disengaja yang telah dilakukan Barry, dan konsekuensi mengerikan yang kini mereka hadapi. Untuk pertama kalinya, Liga menghadapi musuh yang secara aktif menggunakan waktu sebagai senjata, dan itu adalah sesuatu yang tidak bisa diatasi hanya dengan pukulan.